美国人詹姆斯·伯克在其里程碑式的科普著作《双轨》中认为，历史上很多经典的科学发现与创造发明，都是在两条或数条看上去毫无关联的历史线索微妙而复杂的交织下推动促成的，作品也因此命名为“双轨”。
华夏文明的起源与发展，就类似于这种双轨甚至多轨模式，而发轫于浙江杭州太湖流域的良渚文化，就是华夏文明多轨起源的重要源头之一。因其年代久远，关于良渚文化的诸多考古发现，也存在着较大争议。
城墙遗址断代悬疑
1936年，良渚文化最早被发现时，一度被认为是分布于山东、河南等地的“龙山文化”的一个分支，因为当时出土的良渚陶器中有一种黑陶，被认为与山东的黑陶相类似，但后来进一步的挖掘研究表明，不仅这种黑陶在器形与工艺上有其独特特征，而且整个良渚文化的风格与气质也极为与众不同，良渚文化逐渐被认为是一个独立的史前文明系统，就其对后世华夏文明的影响来看，其重要性可能还超过龙山文化。
比方说，在良渚出土的众多文物中，一个很重要且极富特色的门类是玉器，这些随葬的玉器包括璧、琮、环、镯、玉珠、玉坠、玉带及冠形器等，后世所见的各种玉制品几乎都有，且数量之多和工艺之精，是同时代其他文化所没有的。华夏文明后来对玉的崇拜，很可能就源于良渚文化。
良渚文化是一个规模庞大的独立史前文明，这一观点随着2006年良渚古城城墙遗址的挖掘曾得到进一步证实，但随后的研究表明，这一考古发现的具体结论还存在较大争议。
这个遗址的发现纯粹是一个意外。
2006年6月，杭州余杭瓶窑镇的葡萄畈村建农民安置房时，在位于良渚莫角山遗址西侧约200米处的一片稻田下发现一条南北向沟渠，宽40多米，沟里有不少碎陶片，属于良渚晚期。经浙江省文物考古研究所局部解剖，发现是一条良渚文化时期的南北向古河道，河东岸的高地完全由人工堆筑而成，厚度近4米，而且在最底部整体铺垫有棱角分明的石块。
从2007年3月开始，开展了全面的考古调查，最终确认了围绕在莫角山四周的良渚文化时期古城墙的分布范围、堆积状况以及年代下限。古城南北长1800-1900米，东西宽1500-1700米，总面积约290多万平方米。布局略呈圆角长方形，正南北方向。城墙底部普遍铺垫石块作为基础，在石头基础以上用较纯净的黄色黏土夯筑而成，城墙底部宽40-60米，现存较好地段高约4米。
有研究者认为，从整个良渚遗址和良渚文明的年代推算，古城应该是建于距今5000年前左右的新石器时代。这一结论若成立，良渚古城无疑可视为中国史前文明的一个巨大成就，因为从建制规模来看，该城墙主体厚度甚至是建于明代的西安古城墙的两倍余，面积略相当于一座颐和园，这样一座即便从现代工程来看也令人惊叹的超大规模建筑，其建造无疑需要耗费巨大的人力、财力，尤其需要超大规模的国家组织能力。这也就意味着，远在夏商周之前，在中国华东地区就出现了一个具有超级能量的国家形态的文明，中国文明史也由此向前推进了1000余年，这样一个考古想象，无疑令学界兴奋。
然而，关于这座遗址的断代及其他诸多方面的性质，学界也出现了不同的声音。
良渚课题权威、浙江省社会科学院历史研究所所长林华东就曾专门撰文，就主流的城墙遗址考古结论提出八大疑点，并详细阐述了他对遗址可能身份的见解。
林华东最有力的质疑主要集中在以下几个方面：一，判断城墙年代的证据并不充分；二，古城四面城墙基石的建造时间可能并不一致，且看上去似乎未能连成一体；三，无论从地势还是环境来看，城墙选址欠佳，很难想象一个如此巨大的工程，其选址却如此不讲究甚至随意；四，良渚先民似乎还不具备建造一座如此规模建筑的能力，尤其是城墙基石，几乎全为可以断定是由铁器开凿的人工采石，且数量极巨，这在当时几乎是不可想象也无必要的。
林华东表示，“所谓良渚文化‘古城’确实存在着不少疑点，结论似乎下得太早。如果这真是良渚文化时期的古城，那么至少还应等更多的考古证据支持。就目前来看，我认为它并不是良渚文化之时的古城或古都，而很有可能是大致在唐宋至明清之时修建的防洪大坝。”
为何湮灭：自然还是人为灾难
无论城墙遗址如何定性，良渚文化作为一个整体，在社会、经济、文化等领域曾取得辉煌的成就，这一点已得到普遍公认。
良渚文化存续时间约为距今5300年至4200年前，属于新石器时代文化，主要分布在太湖流域，包括余杭良渚，还有嘉兴南、上海东、苏州、常州、南京一带；再往外，还有扩张区，西到安徽、江西，往北一直到江苏北部，接近山东；此外还有影响区，包括山西南部等地带。有分析认为，上古神话中的蚩尤、防风氏、羽民国等部族，其中之一很有可能就是良渚先民。
“良渚”势力曾经占据半个中国，毫无疑问，这是以其高度发达的社会经济与文化水平为基础的。有专家因此认为良渚古城其实就是“良渚古国”的都城，中国的朝代断代应从此改写——由现在公认最早的夏、商、周改为良渚。
奇怪的是，曾取得如此辉煌成就的良渚文化，在绵延存续千年之后却突然湮灭，在中国后来数千年的历史中，没有留下任何记载和明显的痕迹。
良渚文化究竟为何又是如何湮灭消失的，也是目前学界争论的焦点之一。
一种说法是因为该文化过度依赖稻谷这种单一粮食作物造成的。
良渚文化所处的太湖地区是我国稻作农业最早的起源地之一，在众多良渚文化遗址中，发现许多石制农具，如三角形石犁和V字形破土器等，表明良渚文化时期的农业已由耜耕农业发展到犁耕农业阶段，这是古代农业发展的一大进步。
良诸的辉煌正是建立在这种发达的稻作农业基础之上的。“然而，成也萧何败也萧何。”中国社科院考古所赵志军研究员表示，“良诸的突然崩溃，很可能与畸形发展的稻作农业相关。”
近些年来，植物考古学研究证实，良诸时期的农业生产虽然发达，但品种非常的单一，在出土的农作物遗存中，除了稻谷，再无其他。一个社会群体过于依赖某种单一农作物是非常危险的，环境的突然恶化、作物基因的退化、杂草的侵入、病虫害的发生等，这些突发事件都有可能摧毁这种单一的农业生产，经济基础遭受毁灭打击，其文化自然也就崩溃了。
类似情况历史上曾有许多例证。19世纪中期，整个欧洲发生了一场严重的马铃薯疫病，农作物相对多元的其他国家尚可承受，但几乎完全依赖马铃薯这种单一农作物品种的爱尔兰，则发生了惨烈的大饥荒，饿死了一百多万人，二百万人背井离乡，远赴美洲。
这一分析当然很容易引起共鸣，不过也有学者并不认同这一看法。
有专家从遗传学角度分析认为，良渚文化并非因农作物单一而湮灭，因为在此之后的马桥文明，尽管在文化层面上与良渚时期差异甚大，可这两个时期的同地居民却出乎意料地拥有完全一致的独特遗传结构，这就基本排除了自然灾害导致种族灭绝的可能性。由此进一步猜测，可推断其文明在末期的急剧衰退，更有可能是人为因素造成的，例如遭受另一支文明的毁灭性入侵及征服，使当地原有文化体系发生了巨大转变。
作为一个存在于5000年前的史前文明，关于其考古研究出现各种争议是正常的，学界及公众都期待良渚文化后续的考古发现。
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挖掘的文明
二里头文化
二里头文化最早于1952年在河南登封的玉村遗址发现，1956年发掘郑州洛达庙遗址的时候，人们注意到它在文化面貌上具有若干特色，一度被称为洛达庙类型。1959年起在河南偃师二里头遗址进行科学发掘以后，发现二里头遗址更加具有典型性，故将这种类型的遗存命名为二里头文化。
二里头遗址主要分布在河南中、西部的郑州附近和伊、洛、颍、汝诸水流域以及山西南部的汾水下游一带。已发现的遗址有近百处，经过发掘的有洛阳东干沟、矬李、东马沟，陕县七里铺，汝州市煤山，郑州洛达庙和山西夏县东下冯、翼城感军等地点。
仰韶文化遗址
仰韶文化遗址坐落在仰韶村南边的缓坡台地上，北依韶山，东、西、南三面环水，东北到西南长900余米，西北到东南宽300余米，总面积约30万平方米，文化土层堆积存度2-4米。1951年，中国科学院考古研究所对该遗址进行了小规模发掘，发现这里有四层文化层相叠压，自下而上是仰韶文化中期-仰韶文化晚期-龙山文化早期-龙山文化中期。
三星堆古遗址
三星堆古遗址位于四川省广汉市西北的鸭子河南岸，分布面积12平方公里，距今已有5000至3000年历史，是迄今在西南地区发现的范围最大、延续时间最长、文化内涵最丰富的古城、古国、古蜀文化遗址。现有保存最完整的东、西、南城墙和月亮湾内城墙。三星堆遗址被称为20世纪人类最伟大的考古发现之一，昭示了长江流域与黄河流域一样，同属中华文明的母体，被誉为“长江文明之源”。
