1601年，利玛窦遵循创始人罗耀拉提倡耶稣会士成为“在行动中冥想”的人，应当在工作中、在整个世界中“找到”上帝宗旨抵达北京，他一度自喻为“西僧”，但旋即发现中国文化由儒家士大夫掌握。他相信要中国人接受天主教，必须从士大夫阶层着手，他于是改称为“西儒”，研习儒家文明，穿起士大夫服饰，向中国人介绍记忆术、地图、天文等西方技术，以此表明欧洲并非文化低落的“西夷”。
这里，我们不能忽视耶稣会士在中国的科学观测和考察及对欧洲科学的贡献，其中英国皇家学会起了很大的作用，它和耶稣会士颇有成效的合作，促进了中西科学交流和发展。
科学皇帝康熙
1623年（明天启三年），继利玛窦后，又有两位欧洲的传教士相继进入明、清朝宫廷，德国人汤若望和助手比利时人南怀仁应大学士徐光启聘请，到北京参与校正历法。他们仿效当年的利玛窦，将他从欧洲带来的数理天算书籍列好目录，呈送朝廷。又将带来的科学仪器一一陈列，请中国官员们前来参观。1623年10月8日成功预测了月食和1624年9月又准确地预测了月食。
在明朝灭亡后，汤若望和南怀仁又担任了清朝主管天文历法的官员，他们依据欧洲通用的几何学原理，计算天象，校正了明代历法中的偏差。1661年（清顺治十八年），8岁的康熙登基，辅政大臣鳌拜反对西洋学说，大臣杨光先认为汤若望等传教士有罪，逮捕了已经中风瘫痪的汤若望和南怀仁等。
1668年（清康熙七年），北京发生大地震，南怀仁预测到了这次地震，而吴明煊、杨光先却没预测到，南怀仁抓住这次机会，将一纸诉状递到15岁的皇帝康熙手上。为断是非，康熙令南怀仁和杨先光到午门广场，当着文武百官的面，各用自己的测算方法，测算正午时间日晷表上所显示出的日影的长度，结果南怀仁胜出，康熙当场宣布汤若望事件纯属诬陷行为，并任命南怀仁为钦天监监副，全权主管钦天监。
1672年（清康熙十一年），南怀仁还在北京制造出了蒸汽动力的机械装置，这一机械装置成为第一辆四轮蒸汽汽车。此时，瓦特还没出生，比他制成的复式蒸汽机早了115年，比西明顿将蒸汽机应用于轮船早123年，比司蒂芬孙用于火车早150年，比布尔用于汽车早200年。
1675-1721年（清康熙十四年至六十年），清朝制造各类火炮达905门，技术上达到清代火炮最高水平，南怀仁对此做出了巨大贡献。
1678年（清康熙十七年），南怀仁发表告欧洲耶稣会士书，希望欧洲派遣更多的耶稣会士来华。为了回应南怀仁的号召，1688年，路易十四派遣4位耶稣会士洪若翰、白晋、张诚、李明作为“国王数学家”来中国。康熙跟他们学习几何、三角、代数、人体解剖学、音乐、天文、地理和拉丁文。
数学史上的“甘特式计算尺”在宫中出现，距离英国数学家埃德蒙·甘特1630年发明这种计算尺不过50年；1642年，法国数学家布累斯·巴斯柯发明了世界上第一台可计算加减法的手摇计算机，仅仅相隔半个世纪，康熙便拥有了它。
从18世纪初开始，康熙发起了一个很大的科学计划，主要目的是编纂数学、天文和音乐著作。1713年（清康熙五十二年），康熙在畅春园蒙养斋中设立算学馆，被西方人同样称为“皇家科学院”，许多精通科学的学者被召集到那里，受到耶稣会士的教育。法国耶稣会士傅圣泽开始翻译欧洲的天文学和数学著作，其中有开普勒、哥白尼的日心学说、木卫理论和英国天文学家哈雷的天文观测。另外，学者们还编写《律历渊源》等书籍，康熙亲自到蒙养斋授课。数学家梅珏成、明安图等都是蒙养斋算学馆培养出来的。
波义耳、海德与沈福宗
1660年，英国皇家学会获得国王查理二世的特许证，标志了一个科学组织的诞生。1663年，第二次特许证的正式名称是“为改善自然知识的伦敦皇家学会”，强调了自然科学为皇家学会发展的主要方向。
1667年，首任皇家学会秘书奥顿堡写信给物理学家胡克，想通过传教士为皇家学会寻求世界范围内的通讯制度。事实是，皇家学会和耶稣会士颇有成效的合作，促进了科学的发展。
近代化学奠基人罗伯特·波义耳是皇家学会的创建人之一，对中国医学很感兴趣，他希望能得到中国医书，为欧洲医学提供借鉴。他对中国的脉诊、气象和温度测量也颇感兴趣。中国人对上天的敬畏，占星在中国社会生活中的地位、在宫廷中扮演的重要角色，也令他很有兴趣。
牛津大学拥有欧洲最大图书馆之一的博德利图书馆，1600年万历年间，通过荷兰东印度公司，博德利图书馆从南京“金陵书林”和福建“建阳书林”购得大量中国医书。
1671年，波义耳通过荷兰东印度公司得到一本南明时《大明中兴永历二十五年大统历》，将它送给博德利图书馆，这本带有波义耳签名的历书，现在仍保存在那里。
波义耳通过东方学学者、博德利图书馆馆长托马斯·海德介绍，见到了当时在英国的南京耶稣会士沈福宗，1681年，25岁的他随比利时耶稣会士柏应理离开澳门去荷兰。
1684年，柏应理、沈福宗一行到达凡尔赛，将《大学》《中庸》和《论语》的拉丁文译版赠给了路易十四，并请求在法国出版。路易十四宴请沈福宗，这也促使了法国派遣耶稣会士科学家到中国的计划。1684年他们动身到罗马，将一批中国文献赠予罗马教皇英诺森十一世，这批书籍后被藏入梵蒂冈图书馆。1687年，沈福宗随另一位耶稣会士离开巴黎到达伦敦，受到了詹姆斯二世的接见，并出席宫廷宴会。
应海德之约，沈福宗去牛津合作编辑博德利图书馆的中文藏书目录，他尊称海德为“德老爷”。海德在著作中记载了他们来往的书信和关于中国的情况，如关于度量衡的单位、围棋的下法、“升官图”的游戏规则、中国的地理、汉语的语法等。
1692年，在返华途中，沿大西洋南下至非洲西海岸时，沈福宗突然染病，在东非（今莫桑比克）去世，享年36岁。
植物学家与医学的传播
当时欧洲和中国的通道有海路和陆路两条。从17世纪末开始，清朝和俄国之间的陆上贸易之路开通，这为在华耶稣会士提供了方便。通过俄国定期到北京的商队，耶稣会士把一些信件、书籍和物品交给商队，由他们转交俄国、法国的科学家及英国皇家学会。当时由圣彼得堡到巴黎的信件，快的时候一个月就可到达。需要指出的是，18世纪也有一些英国船在中国沿海贸易，也顺带一些资料回欧洲。
1690-1741年，汉斯·斯隆服务皇家学会长达51年，担任秘书也有9年，1727年在牛顿去世后接任了皇家学会主席。他撰写或收集的大量档案，内容涉及中国科学和技术，还有描述中国染布与丝织品工艺的过程。
由于斯隆精于植物学和医学，他和皇家学会会员坎宁安保持许多往来，后者曾以英国船队医生的身份被派到舟山工作数年，收集了大量的植物种子。
1719年，《康熙皇舆全览图》完工，意大利耶稣会士、宫廷画师马国贤以铜版印制了地图44幅，并将雕刻铜版技术传授给中国人，但乾隆不同意把地图送给耶稣会士。1724年，马国贤返欧洲，在伦敦停留时，将从中国带来的东西，包括《康熙皇舆全览图》献给了乔治一世。
克伦威尔·莫蒂默1730年起任皇家学会秘书一职，并负责《哲学汇刊》编辑工作，他和在华耶稣会士、钦天监监正戴进贤、徐懋德等人一直有来往。1727-1731年，戴进贤、徐懋德发布了在北京的日月食、木卫观测报告，他们的观测成果常为欧洲的天文学家所引用。
斯洛文尼亚耶稣会士刘松龄是耶稣会在中国的首脑，在华35年之久，戴进贤去世后，他被补授为钦天监监正。1749年，刘松龄收到《哲学汇刊》，作为报答，他给莫蒂默送去了中文对数表和《历象考成后编》。
法国耶稣会士宋君荣由路易十五派遣，1722年到华，在北京生活了36年。为1729年出使俄国的中国使节绘制去莫斯科和圣彼得堡的路线图。此外，作为地理学家和天文学家，他还参与了大地测量、绘制全国及分省舆图、天文观测、制定历法等方面的工作。他的法文节译本《中山传信录》所附之《琉球诸岛图》，成为英法海军或商船在中国东海航行及进行调查活动的指南。
推进中国与欧洲科学
发展之成果
皇家学会创建伊始，就热衷于收集不同国家的天文资料，一些皇家学会的秘书建议皇家学会应该提供出色的观测者，他们自己乐意用必要的仪器观测。
从17世纪60年代起至18世纪下半叶，在华耶稣会士在钦天监任职的有许多天文学家，如戴进贤、刘松龄、徐懋德、宋君荣、鲍友管等，他们的许多观测报告一直引起世界学术界的关注。
皇家学会图书馆还保存了1771年7月17日至1774年12月31日，意大利耶稣会士马修·雷珀在广州的气象观测报告，长达50多页，每天观测3次，包括气压、温度、风向等内容，这份观测报告对研究中国气候的演变有重要价值。
在《哲学汇刊》上刊载的在华耶稣会士的报告多为日月食和木卫食，彗星、水星经过太阳的报告。木卫食的观测有助于帮助决定经度，从而为绘制地图提供精确数据。彗星的观测对计算轨道也有帮助。
宋君荣就中国天文学史作了大量研究，对法国学术界产生了影响，并直接影响了法国天文学家拉普拉斯关于黄赤交角的研究。
1708年，法国耶稣会士柏图斯·杜德美受清皇室委托，和中方人员共同承担测绘《康熙皇舆全览图》工作，他在东北进行考察，在长白山区一个村庄里，他见到刚刚采掘出的野生人参后将它画成图，详细列举了人参的特性、形状、生长环境和采摘方法，并推测在与中国东北相近纬度的世界其他地方同样可能有人参的生长。
正在“新法兰西”传教的耶稣会士拉菲托读到杜德美的信，认为这个“与中国东北纬度相近”的地区非新法兰西莫属。最后，在加拿大魁北克发现人参，1718年，第一船“北美参”抵达广州，此后在中国掀起“西洋参热”。
